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MABR膜在理论上有着非常好的应用前景，但目前仍有很多未解决的问题，值得进一步深入研究。
1) 膜材料的成本和性能依然是制约MABR大规模应用的限制条件，开发低成本高效率的膜材料对于MABR的推广有着重要意义.
2)建立模型是未来研究的重要辅助手段，在生物膜与水力学的研究中建模可以直观地展示出整个微观动态过程，为MABR的理论研究提供进一步支持。
3)生物膜厚度作为一个影响MABR性能的重要因素，却很难在实际应用中实现简单易行的连续监测和控制。
4) 如何将现有研究推向实际应用缺乏经验。进水的差异会导致不同的生物膜结构，使微生物的活性层位置发生改变。现有研究内容还不足以建立起可供实际工程参考的工况数据库，在面对污水的水质差异时仍需花费大量时间来寻找MABR的工况。
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